El convento masculino de San José fue la fundación inicial mercedaria en la localidad. Acogidos por los señores de Fuentes, en concreto por Aldonza de los Ríos Acevedo y mendoza, viuda de Álvaro de Fuentes y madre de Gómez de Fuentes, apoyado por figuras del clero local, como el beneficiado Andrés Moreno Adalid, Vicario y representante local del Santo Oficio. En 1608 ya había santísimo en la casa religiosa de la localidad. Durante la segunda década del siglo XVII se construyó una nave del templo, quedando por elevarse la capilla mayor. El edificio repetía un tipo muy conocido en la arquitectura conventual de una sola nave con tribunas sobre capillas laterales y coro en los pies. Su construcción se renovó por completo a comienzos del siglo XVIII, consagrándose a su término en 1737.
En esa obra tuvo un papel destacado el maestro de obras Juan Ruiz Florindo, que edificó la portada e intervino en la construcción del interior del templo. En los años posteriores del siglo XVIII, la acción de patronazgo de los señores sobre esta edificación mercedaria se completaría con la dotación de las capillas del templo por diversas familias de la localidad.
